10月5-7日，市卫生计生局和市城管局联合组织市疾控中心防疫队和市政消杀队先后到沙坪街道和雅瑶镇受灾现场和灾民临时安置点沙坪中学开展环境消杀和饮用水井消毒工作，同时派发宣传资料和消毒剂，指导灾民做好居家卫生消毒和环境清扫工作。副市长吕嘉琪亲临一线进行卫生防疫指挥。

吕嘉琪副市长提出，洪水退到哪里，救灾防病就跟进到哪里。救灾防病小分队务必在第一时间分赴灾区，立即开展环境消杀、饮用水消毒和健康教育等工作，并对受灾地区所有集中式供水单位饮用水卫生进行监督检查，确保全市无重大疫情发生。

据统计，截到7日晚止，共派出防疫和消杀人员约50人次，派发消杀用药约1000斤，消杀面积达1万多平方米，派发宣传单张2000余份。